Temporadas después, en la 95-96 primero y en la 96-97 después, se terminó el periplo del equipo logroñés por la primera división del fútbol español.

Al final, en la temporada 1999-2000, el conjunto blanquirrojo encadenó dos descensos consecutivos: uno a segunda B, por su desempeño deportivo, y otro a Tercera por impagos.

El CD Logroñés comenzaba a agonizar y abandonaba definitivamente el fútbol profesional.